Mach dir da mal keine Sorgen, Isako.
In meiner langjährigen Erfahrung als Spieler sowie als Spielleiter habe ich festgestellt, dass Kampagnen sich vor allem durch vorsichtige Planung auszeichnen. Das bedeutet auch, dass man einen nicht geringen Anteil auf entsprechende Charaktere zuschneidet.
Du kannst davon ausgehen, dass die teamlosen Genin entweder einem NSC oder vielleicht sogar einem Chuunin unterstellt werden. Es hängt stark vom Plot ab, aber es gibt durchaus eine Fülle an Möglichkeiten, die Geschichte auch für "unabhängige" Genin spannend zu gestalten.
Edit: @ Inuy Es ist nur eine Frage der Zeit, du Zauberlehrling^^